Напрям досліджень · Флуоресцентні зонди

Дизайн флуоресцентних барвників для біомедичного застосування

Розроблення високоефективних зондів для медико-біологічних завдань на основі спеціалізованої колекції флуоресцентних барвників.

Флуоресцентні барвники, відібрані з молекулярної бібліотеки для детекції ДНК і білків

Дослідження та розроблення нових високоефективних зондів для медико-біологічних завдань є важливим напрямом роботи відділу біомедичної хімії. Ми запропонували оригінальний підхід, що дає змогу створювати флуоресцентні зонди з необхідними властивостями. Основою для таких досліджень є колекція близько 2000 барвників різних хімічних класів: поліметинових ціанінів, стирилів, кумаринів і металокомплексів.

У співпраці з Bio-Rad Inc. були розроблені довгохвильові барвники для неспецифічної детекції білків із метою використання в мікрорідинних системах розділення.

Серію чутливих флуоресцентних барвників для неспецифічної детекції білків у гелях — зонди LUCY — наша група розробила для Sigma-Aldrich Inc. Основними перевагами цих зондів є висока чутливість — від 5 нг білка, простота використання та зручний протокол фарбування.

Порогове визначення білків у поліакриламідному гелі за допомогою барвників LUCY-506 і LUCY-565
Рисунок 6. Порогове визначення білків у поліакриламідному гелі за допомогою зондів LUCY-506 і LUCY-565, розроблених у співпраці з Sigma-Aldrich Inc., порівняно із SYPRO Ruby stain (Invitrogen Corp.).

У співпраці з Sigma-Aldrich Inc. було створено високоефективний барвник Nancy-520 для детекції ДНК. Він дає змогу візуалізувати ДНК у гелі в кількості від 0,5 нг на доріжку та визначати 0,15 мг/мл у розчині.

Патенти та публікації

  • W. Patton, S. M. Yarmoluk, P. Pande, V. B. Kovalska, D. Lijun, K. Volkova, J. Coleman, M. Losytskyy, A. Ludlum, A. Balanda. Dyes for analysis of protein aggregation. Patent Application Publication WO 2011/065980 A2, 03.06.2011.
  • A. Rueck, B. Schoenenberger, S. Yarmoluk, V. Kovalska, M. Losytskyy, Y. Slominskii. Nucleic acid fluorescent stains. US Patent Application Publication US2010041045, 18.02.2010.
  • T. R. Berkelman, S. M. Yarmoluk, V. B. Kovalska, M. Yu. Losytskyy, K. D. Volkova. Use of squaraine dyes to visualize protein during separations. Patent Application Publication WO 2008/027821 A1, 06.03.2008.
  • K. D. Volkova, V. B. Kovalska, S. M. Yarmoluk. Modern techniques for protein detection on polyacrylamide gels: problems arising from the use of dyes of undisclosed structures for scientific purposes. Biotech. Histochem. 2007;82(4–5):201–208.
  • V. Kovalska, D. Kryvorotenko, M. Losytskyy, P. Nording, A. Rueck, B. Schoenenberger, S. Yarmoluk, F. Wahl. Detection of polyamino acids using trimethincyanine dyes. US Patent Application Publication US2006207881, 21.09.2006.